Intro to WRF

1. Въведение

Този документ е предназначен за вътрешна употреба и служи като инструкция за работа на потребителите на изчислителните клъстери Nestum и Physon. Ръководството описва стъпките за инсталация на програмните пакети за метео прогнози UEMS и WRF и може да се изпозлва потребителите които имат активен потребителски акаунт на единият от двата изчислителни клъстера и са запознати с основните правила за работа с тях. За повече детайли можете да разгледате страниците, Nestum: http://nestum.phys.uni-sofia.bg/jobs-submission/ и Physon: http://physon.phys.uni-sofia.bg/work-with-sge-bg. Самите примери по-долу потребителски акаунт usrNN където NNе номер на потребителя (usr01, usr02, usr03, … , usr32) на изчислителният клъстер нестум. Всеки потребител има домашна папка с префикс /home/course/usrNN с размер 5G и работна папка /work/course/usrNN с групова квота от 500 GB.

Достъпът до системата се осъществява с помощта на SSH сесия с помощта на командата:
ssh -Y usrNN@nestum.phys.uni-sofia.bg

1.1 Система за настройка на софтуерните пакети (modules)

Базовата операционна система на машината е Ubuntu 16.04. Допълнителният софтуер е достъпен през системата modules . С показаните команди по-долу можете да:
* Покажете списък на достъпните модули или софтуерни пакети: module avail
* Покажете заредените от вашата текуща сесия: module list
* Заредите конкретен модул: module load openmpi
* От-заредите конкретен модул: module unload openmpi

1.2 Система за пакетно изпълнение на задачи (slurm)

Достъпът до изчислителните ресурси на клъстера Nestum става посредством система за пакетна обработка на задачите (batch system). Конкретно в случая се използва slurm. Можете да стартирате интерактивни и неинтерактивни задачи. Интерактивните задачи позволяват да имате достъп до изчислителните ресурси чрез интерактивна терминална сесия където имате достъп до входа и изхода на изпълнените от вас приложения докато неинтерактивните сесии се изпълняват във фонов (background) режим като изхода на вашите приложения се пренасочва във файлове. Интерактивните сесии са подходящи за анализ, разработване на софтуер, тест на софтуера и к ратко изпъление на програмите ви. Неинтерактивните задачи се използват за продуктивни дълги пресмятания:

Изпълнение на интерактивни задачи:

        srun -p interact.p --pty /bin/bash     

Изпъление на неинтерактивни задачи:
Неинтерактивните задачи се изпълняват чрез подходящ скриптов файл наречен job файл. Този файл по същество е shell скрипт в който са включени допълнителни директиви към slurm мениджъра. По-долу е показано съдържание на един такъв файл myTask.job:

#!/bin/bash
#
#SBATCH -p medium.p               # partition (queue)
#SBATCH -N 2                      # number of nodes
#SBATCH -n 64                     # number of cores
#SBATCH -t 0-2:00                 # time (D-HH:MM)
#SBATCH -o slurm.%N.%j.out        # STDOUT
#SBATCH -e slurm.%N.%j.err        # STDERR

module load openmpi

mpirun helloworld.x

Изпращането на задачата ви към slurm мениджъра става с помощта на командата: sbatch myTask.job. Няколко допълните команди които могат да ви бъдат полезни са:
Показване на списък с чакащите и стартираните в момента задачи: squeue
Прекъсване на задача: scancel job_id
Състояние на опашките със задачи: sinfo

Всяка една задача се може да се асоциира към една от трите дефинирани опашки чийто ресурс е време за изпълнение и максимален брой процесорни ядра:

short.p - до 4 часа на 736 ядра
medium.p - до 48 часа на 736 ядра
long.p - до 168 часа на 736 ядра
interact.p - до 24 часа на 32 ядра

За допълнителна информация можете да разгледате страницата на клъстера: (http://nestum.phys.uni-sofia.bg)

2.Софтуерът UEMS (Unified Environmental Modeling System)

Програмен пакет предназначен за автоматизация на процеса на прогнозиране на времето NWP (Numerical Weather Prediction) като се използва както WRF (Weather Forecast Model) ядро на националният център за атмосферни изследвания на САЩ (NCAR – National Center for Atmospheric Research) така и NMM модела на националният център за прогнозиране на околната среда (NCEP -Natinal Center for Environmental Predictions). Самата инсталацията съдържа множество скриптове, програми и инструменти за визуализация като например:

  • dwiz – инструмент с графичен интерфейс за създаване на изчислителни области (домейни) за симулация
  • ems_prep, ems_run и ems_autorun скрипт за подготовка и изпълнение на симулацията на базата на входни данни от глобалния мезоскален модел
    прекомпилирани изчислителни ядра на wrf модела arw и nmm
  • ems_post, ncview, ncdump помощни скриптове за postprocessing последващата обработка на данни

Софтуерният пакет е достъпен при заявка от страницата STRC (Science and Training Recource Center) http://strc.comet.ucar.edu/software/uems/ след регистрация.

2.1Системни изисквания

Инсталирането на софтуверният пакет става през интернет (онлайн) с помощта на скрипта
uems_install.pl (в по-старите версии скрипта се нарича ems_install.pl) който се получава
след регистрация и заявка. Системините изисквания за минимална инсталация са:

Linux операционна систма с ядро > 2.6
PC архитектура с Intel или AMD процесори с поддръжка на SSE инструкции
Минимум 4G системна памет, препоръчително е системата да има поне 8G системна памет
120 GB дисково пространство за пълна инсталация на UEMS пакета
Допълнително дисково пространство > 30 GB за съхранение на генерираните от симулацията данни (може да зависи от продължителността и разделителната способност)
Инсталиран Perl интерпретатор версии > 5
Инсталиран един от двата инструмента за сваляне на файлове в интернет wget или curl

2.2 Помощна информация

При стартиране на скрипта uems_install.pl с параметър --help можете да получите
детайлна информация за възможните параметри

./uems_install.pl --help
2.3 Инсталиране

В случай че смятате да направите глобална инсталция на UEMS е необходимо да се избере някоя общo достъпна папка във файловата система. Например

/opt/uems
/usr/share/uems
/srv/uems
lstlisting

папката трябва да има права за четене и писане на потребителя който извършва инсталирането. Глобалната инсталация може да се извърши от системен администратор или човек който има достатъчно опит в инсталирането на EMS за нуждите на група от хора или потребители на изчислителният клъстер. В случай че извършвате локална инсталация в домашната или работната папка на вашият потребител можете да изберете папка която е част от вашата домашна директория. Настоящият пример ще използва работната папка на потребителя /work/course/usrNN/opt/uems като скрипта предполага че директорийната структура съществува до точката на последната директория, т.е. вече съществува. Командата по-долу ще инсталира последната най-актуална версия на UEMS в папката /work/course/usrNN/opt/uems без да включва подложните данни от WRF модела с цел да се съкрати времето за инсталация:

./uems_install.pl --install --nogeog\
--emshome=/work/course/usrNN/opt/uems

Забележка: пътят указан в параметъра --emshome трябва да бъде абсолютен

В случай че правите пълна инсталция опцията --nogeog трябва да се пропусне. След стартиране на инсталацията скриптър ще зададе няколко уточняващи въпроса на които е достатъчно да потвърдите отговорите подразбиране натискайки клавиша [Enter]. Базовата инсталация без подложните данните отнема около 5 – 10 мин в зависимост от интернет свързаността. В краят на инсталацията скрипта отпечатва съобщение в което се разяснява как да се настроят променливите на средата така че да можете да използвате UEMS модела. В случая преди да използвате UEMS модела в зависимоста от това какъв тип shell използвате bash или csh/tcsh е необходимо да заредите:

      In order for you to use the UEMS, the environment variables must be
      set; therefore, it is recommended that you place the following lines
      in your /home/course/usrNN/.bash_profile file:

      Set the UEMS V15.99.5 environment variables

      if [ -f /work/course/usrNN/opt/uems/etc/EMS.profile ]; then
      . /work/course/usrNN/opt/uems/etc/EMS.profile
      fi

bash:

. /work/course/usrNN/opt/uems/etc/EMS.profile

csh

source /work/course/usrNN/opt/uems/etc/EMS.cshrc

2.4 Директорийна структура на софтуерният пакет UEMS.

Веднъж инсталиран в директория с корен /work/course/usrNN/opt/uems софтуерният пакет създава следната директориЙна структура:
* $EMS_ROOT/etc – папка която съдържа конфигурационни скриптове които настройват променливите на UEMS средата. Най-важните скриптове са EMS.profile и EMS.cshrc
* $EMS_ROOT/bin – папка с изпълними файлове. Тя съдържа прекомпилирани статични версии на инструментите за предварителна обработка (preprocessing): ungrib, metgrid. Паралелни версии на програмите от модела WRF: wrf_arw.exe и real_arw.exe
* $EMS_ROOT/strc – папка съдържаща множество работни скриптове на езика Perl които са сърцето на пакета UEMS. Тук се намират и скриптовете за подготовка и изпълнение на симулацията: ems_prep и ems_run
* $EMS_ROOT/runs – основна папка в която подразбиране се създават работните директории на изчислителните домейн. Потребителя трябва да има права за четене и запис в нея папка. Тя може да се преконфигурира с помощта на променливата на средата EMS_RUN
* $EMS_ROOT/data – папка с данни необходими на моделите WRF, NMM и dwiz. Например в тази папка се съхраняват данни за подложната повърхност.
* $EMS_ROOT/logs – работна папка в която се съхранява информация за изпълнението на скриптовете и програмите от пакета UEMS

2.5 Създаване на изчислителни области (домейн).

След като сте инсталирали успешно UEMS модела можем да пристъпим към следващата стъпка създаване на изчислителен домейн

забележка: при последната стъпка от създаване на домейна ще получите съобщение за грешка че домейна не може да бъде локализиран … заради липсата на данни за подложната повърхосност. затова можем да създадем символична връзка към съществуваща папка с данните за подложката:

cd /work/course/usrNN/opt/uems/data

ln -s /opt/lx/ems/15.58.5/uems/data/geog

и да стартираме от командният ред ems_domain. За целта е необходимо да сменим текущата директория с папката в която се намира нашият ново създаден домейн bulgaria. Подразбиране тази папка е част от директорйната структура и се намира в папката

$EMS_ROOT/runs/bulgaria 

или в нашият случай

cd /work/course/usrNN/opt/uems/runs/bulgaria

Когато работите на изчлистелният клъстер Nestum или Physon добра практика е изпълнението на командите да става в интерактивна сесия на някой от изчислителните възли. За целта предварително изпълнете командата (Nestum):

srun -n 16 --pty bash
. /work/course/usrNN/opt/uems/etc/EMS.profile
ems_domain --ncpus 1 --localize

или ако ползвате Physon:

qlogin -l h_rt=8:0:0,h_vmem=2G
cd /work/course/usrNN/opt/uems/runs/bulgaria
. /work/course/usrNN/opt/uems/etc/EMS.profile
ems_domain --ncpus 1 --localize

Същинската симулация може се стартира по два начина. Единият от тях е напълно автоматизиран при който се изпълнява директно скрипта ems_autorun, който сваля граничните условия необходими за симулацията и стартира самата симулация. Ние ще разгледаме другият подход при който тези две стъпки се изпълняват самостоятелно:

2.6 Подготовка на началните данни.

Осъществава се със сктипта ems_prep който съществува като символична връзка в папката на домейна който сме създали:

/work/course/usrNN/opt/uems/runs/bulgaria/ems_prep ->
../../strc/ems_prep.pl

cd /work/course/usrNN/opt/uems/runs/bulgaria/
./ems_prep --dset gfs --length 24

горната команда ще подготви симулация за следващите 24 часа използвайки данните от GFS (Global Forecast System) който са публично достъпни онлайн. Командата ще свали глобалните данните за следващите 24 часа от списък със сървъри които съдържат данните (www.nomads.ncep.noaa.gov). Други два важни параметъра са --date YYYYMMDD с помощта на който можете да укажате началната дата на симулацията и --domains DOM1:SH1, DOM2:SH2, например ако искате да моделирате метеоролгично събитие в миналото, командата:

./ems_prep --dset gfs --date 20161015 --length 24 --domains 2

ще подготви симулация с начална дата 15/10/2016 с продължителност 24 часа за двата изчислителни домейна. Самият скрипт ems_prep последователно ще стартита инструмента ungrib който е част от wrdda който преубразува данните от grib2 в netcdf формат:

/work/course/usrNN/opt/uems/bin/ungrib

След което ще стартира инструмента metgrid който подготва граничните условия на симулацията в папката
/work/course/usrNN/opt/uems/runs/bulgaria/wpsprd/

2.7 Стартиране на симулацията.

След успешно приключване на скрипта ems_post можем да стартираме самата симулация чрез ems_run. Пълен списък със възможните параметри на скрипта може да се получи с помошта на --help

./ems_run --help

В случая е достатъчно да се изпълни ./ems_run. Подразбиране ако се стартира скрипта без никакви допълнителни аргументи ще се извърши симулация само за първият домейн. В случай че желаете да включите и останалите домейни и използвайте патаметъта -d N, където N е цяло число указващо броя на включените домейни. При изпълнението си скрипта отпечатва детайлна информация на всяка стъпка от симулацията. По същество скрипта изпълнява последователно прекомпилирани версии на програмите real.exe и wrf.exe който са част модела WRF версия 3.7.1 веднъж стартираната, еволюцията на симулацията може да бъде наблювана с помощта на командата:

tail -f /work/course/usrNN/opt/uems/runs/bulgaria/rsl.out.0000

Необходимо е да изчакате определен период от време до завържвашването на самата симулация през което време можете да се отдадете на четене на документация. След приключване на симулацията резултатите от пресмятанията се пазят в папката:

/work/course/usrNN/opt/uems/runs/bulgaria/wrfprd
2.8 Използване на глобална инсталация

За да се спестят ресурси и улесни поддръжката на версиите е добре да се използва глобална инсталация на UEMS модела която е споделена между повече от един потребителя.
В този случай обаче е необходимо да се предефенират три работни папки:

  • UEMS_LOCAL – коренът ( root) на пътят до локалните папки EMS_RUN и\ EMS_LOGS
  • EMS_RUN=$UEMS_LOCAL/runs – локалната папка в която се намират симулациите на потребителя
  • EMS_LOGS=$UEMS_LOCAL/logs – пътят до локалната папка която съдържа логовете (информацията) от изпълението на скриптовете и програмите

В този пример ще изпозлваме глобалната инсталация на UEMS модела на изчлислителният клъстер Nestum. За целта нека инициализираме работните променливи на средата, така че да използваме

mkdir -p /work/cource/usrNN/uems_local
. /opt/lx/ems/15.58.5/uems/etc/EMS.profile
export UEMS_LOCAL=/work/cource/usrNN/uems_local
export EMS_RUN=$UEMS_LOCAL/runs
export EMS_LOGS=$UEMS_LOCAL/logs

веднъж установили променливите на средата можем да повторим стъпките описани в предходните точки. Използването на глобална инсталация на UEMS е за предпочитане защото пести дисково пространство и улесянва обновяването и поддържането на софтуера.

3. Компилиране на модела WRFv3.7.1 от изходен код

Изходният код на WRF модела е публично достъпен на адрес след регистрация на страницата http://www2.mmm.ucar.edu/wrf/users/download/get_source.html. След като свалите изходният код можете да направите локална папка в която да разархивирате файлът WRFV3.7.1.TAR.gz. За да спестим време в настоящият пример можем да копираме изходният код направа от файловата система с помощта на командите:

Nestum:

mkdir -p /work/cource/usrNN/wrf/src
cd /work/cource/usrNN/wrf/src
cp /work/cource/examples/wrf/WRFV3.7.1.TAR.gz .
tar zxvf WRFV3.7.1.TAR.gz
3.1 Системни изисквания

Моделът WRF може да бъде компилиран върху множество архутектури като сериен или паралелен код. В този документ ще разгледаме примерният случай в който се компилира паралелна версия на кода за системи с разпределена памет (dm – distributed memory architecture) с помощта на OpenMPI среда с компилатори на Intel. Минималните изисквания необходими за компилирането на модела са:
* персонален компютър или изчислителен клъстер който работи под ОС Linux
* библиотека netcdf включващата и интерфейс за програмният език Fortran версия $>= 3$
* в случай че се компилира серийна версия. Компилатори на програмните езици C/C++ и Fortran, например: GNU компилатори gcc/gfortran, Intel компилаториicc/ifort или PGI компилатори pgcc/pgf90
* в случай че се компилира паралелна версия е необходим компилатор който поддръжа стандарта OpenMP за паралелни архитектури със споделена памет (sm) и/или паралелен комиплатор с подръжка на библиотеката MPI за архитектури с разпределена памет.
* пакета build-essential на Linux който включва инструмента make

в случай че компилирате WRF модела на собственото си PC може да инсталирате необходимият софтуер чрез пакетният мениджър на операционната система. Например ако използвата някоя Debian базирана дистрибуция като Debian или Ubuntu e необходимо да инсталитате следният списък с пакети:

sudo apt-get update
sudo apt-get install gcc gfortran build-essential libnetcdf-dev libopenmpi-dev openmpi-common openmpi-bin 

ако компилирате модела WRF изчеслителният клъстер Nestum или Physon. необходимите библиотеки са достъпни с помощта на системата modules. Необходимо е да се заредят следните модули в интерактивна сесия.

Nestum

srun -p interact.p -n 2 --pty bash
module load netcdf
module load nectdf-fortran
module load openmpi

Physon

qlogin -lh_rt=8:0:0 -pe ipar 4
module load netcdf
module load nectdf-fortran
module load openmpi/1.8.3-intel-13.1
3.2 Компилиране на модела

Веднъж след като изходният код на модела бъде разархивиран и помощните софтуерни пакети са заредени можем да преминем към компилирането на модела. За целта можем да сменим текущата папка с работната директория в която се намира изходният код и да стартираме конфигурационният скрипт configure преди това обаче трябва да се настроят няколко променливи на средата:

Nestum:

cd /work/cource/usrNN/wrf/src
cd WRFV3
export NETCDF=/opt/lx/u16.04/netcdf-fortran/4.4.4/gcc-os
export NETCDF4=1
export WRFIO_NCD_LARGE_FILE_SUPPORT=1
./configure

Physon:

cd /work/cource/usrNN/wrf/src
cd WRF
export NETCDF=
export NETCDF4=1
export WRFIO_NCD_LARGE_FILE_SUPPORT=1
./configure

конфигурационният скрипт ще попита първо коя от предефенираните среди за компилиране избираме. В нашият случай избираме отговор 15 която отговаря на паралелна среда с разпределена памет (dmpar – distributed memory) и компилатори на Intel. В случай че компилирате кода на друга паралелна платформа например суперкомпютър с математични ускорители Intel Phi или домашно PC трябва да подберете подходящата за вас среда за компилиране. Параметъра NETCDF4=1 разрешава поддръжка на версия 4 на библиотеката netcdf. Докато параметъра WRFIO_NCD_LARGE_FILE_SUPPORT=1 разрешава подръжката на големи файлове за библиотеката netcdf. Следващият въпрос:

Compile for nesting? (1=basic, 2=preset moves, 3=vortex following) [default 1]:

обичайно се отговоря подразбиране с 1. Самото компилиране се извършва със скрипта compile който приема като параметър името на модула който да бъде компилиран в нашият случай това е който включва в себе си em_real изпълнимите файлове: wrf.exe, real.exe, ndown.exe и tc.exe. В случай че разполагаме със ситема която притежава повече от един процесор/ядро можем да ускорим компилирането на модела с помощта на праметъра -j n, където n е броят на процесорните ядра които да се изпозлват за компилиране на модела (подразбиране n = 2). Окончателно командата за компилиране на модела изглежда така:

./compile -j n em_real

забележка: поради особеност на скрипта, компилирането на em_real модела трябва да се извърши два пъти последнователно. В случай на нужда да се изчисти работната директория от компилираната версия (това се прави задължително в случай на преконфигурация) трябва да се изпълни скрипта clean

./clean

генерираните изпълними файлове след успешна компилация могат да се намерят в под директорията main:

./main/real.exe
./main/wrf.exe
./main/ndown.exe
./main/tc.exe

нека копираме изпълнимите файлове в под папка в която се намират нашите локални UEMS данни:

mkdir -p $UEMS_LOCAL/bin
cp ./main/real.exe/ $UEMS_LOCAL/bin/real_arw.exe
cp ./main/wrf.exe/ $UEMS_LOCAL/bin/wrfm_arw.exe

и настроим нова променлива на средата “`WRF_HOME така че:

export WRF_HOME=$UEMS_LOCAL
3.3 Интеграция на прекомпилираната версия на модела WRF с UEMS

Удобно е когато интегрирате вашата прекомпилирана версия на WRF модела със скриптовете на софтуерният пакет UEMS за да се възползвата от възможността да съзадвате изчислителни области с помощта на dwiz и стартирате симулации на прогнози за определен интервал време с помощта на скриптовете ems_port и ems_run. Интегрирането се налага и в случаите когато искате да изпълнявате модела на повече от един изчислителен възел на паралелният клъстер. В случая ще демонстрираме как трябва да се модифицират скриптовете на UEMS за да се използва външно компилиран WRF модел. Все пак трябва да се отбележи че тези промени се правят за собствена сметка и нямаме гаранция че скрипта винаги ще работи коректно. За целта е необходимо да се редактира съдържанието на скрипта WRFrun.pm който се намира в:

$EMS_ROOT/strc/EMSrun/Models/WRF/WRFrun.pm

за целта нека първо направим резервно копие на оригиналният скрипт и модифицираме актуалният файл:

cp -a $EMS_ROOT/strc/EMSrun/Models/WRF/WRFrun.pm $EMS_ROOT/strc/EMSrun/Models/WRF/WRFrun.pm_orig
vi $EMS_ROOT/strc/EMSrun/Models/WRF/WRFrun.pm

Необходимо е да се добавят два реда на редове 122, 248, 437 и 512:

ред 122 името на изпълнимият файл real_arw.exe се присвоява в променливата $exename

(my $exe = "$ENVEMS_BIN/$proc_CORE.exe") =~ s/CORE/$core/g;

return 1 if &Esystem::checkBin($exe);

ред 248 в случай че променливата на средата WRF_HOME е дефинирана променяме командата за изпълнение на real_arw.exe с

srun $ENVWRF_HOME/bin/$exename

my $command = "$mpiexec␣$exe";
if (defined $ENV{WRF_HOME} and $ENV{WRF_HOME}) {
$command = "srun $ENV{WRF_HOME}/bin/$exename";
}

ред 437 името на изпълнимият файл wrf_arw.exe се присвоява в променливата $exename

(my $exe = "$ENV{EMS_BIN}/${proc}_CORE.exe") =~ s/CORE/$core/g;
(my $exename = "${proc}_CORE.exe") =~s/CORE/$core/g;
return 1 if &Esystem::checkBin($exe);

ред 512 в случай че променливата на средата WRF_HOME е дефинирана променяме командата за изпълнение наwrfm_arw.exeсsrun $ENVWRF_HOME/bin/$exename“`

my $command = "$mpiexec␣$exe";
if (defined $ENV{WRF_HOME} and $ENV{WRF_HOME}) {
$command = "srun $ENV{WRF_HOME}/bin/$exename";
}

за да опростим опростим процедурата по промяна на файла WRFrun.pm ще изпозлваме файл заготовка като първо направим копие на оригиналният файл и копираме новият на негово място:

cd $EMS_ROOT/strc/EMSrun/Models/WRF/
mv WRFrun.pm WRFrun.pm_orig
cp /work/course/examples/uems/scripts/WRFrun.pm .

сега сме готови да продължим с играта като стартираме симулацията с външно компилираните версии н апрограмите real_arw.exe и wrfm_arw.exe

srun -n 32 --pty bash
. $EMS_ROOT/etc/EMS.profile
export WRF_HOME=$UEMS_LOCAL
module load openmpi
module load netcdf
module load netcdf-fortran
cd $UEMS_ROOT/runs/bulgaria
./ems_prep --dset gfs --length 24 --domains 2
./ems_run --domains 2

забележка: Файлът WRFrun.pm ще бъде презаписан пр всяко обновяване или преинсталация на UEMS пакета. Затова е добра практика да се пази резервно копие на файла.

забележка: Добра практика е да се копират оригиналните TBL файлове от дистрибуцията на WRF в папката $EMS_ROOT/data/tables/wrf

cd $UEMS_ROOT/data/tables/wrf/physics/lsm/
mv VEGPARM.TBL VEGPARM.TBL_bck
mv URBPARM.TBL URBPARM.TBL_bck
mv MPTABLE.TBL MPTABLE.TBL_bck
mv URBPARM_UZE.TBL URBPARM_UZE.TBL_bck
mv grib2map.tbl grib2map.tbl_bck
mv LANDUSE.TBL LANDUSE.TBL_bck
mv SOILPARM.TBL SOILPARM.TBL_bck
mv GENPARM.TBL GENPARM.TBL_bck

cp /work/cource/usrNN/wrf/src/run/VEGPARM.TBL VEGPARM.TBL
cp /work/cource/usrNN/wrf/src/run/URBPARM.TBL URBPARM.TBL
cp /work/cource/usrNN/wrf/src/run/MPTABLE.TBL MPTABLE.TBL
cp /work/cource/usrNN/wrf/src/run/URBPARM_UZE.TBL URBPARM_UZE.TBL
cp /work/cource/usrNN/wrf/src/run/grib2map.tbl grib2map.tbl
cp /work/cource/usrNN/wrf/src/run/VEGPARM.TBL VEGPARM.TBL
cp /work/cource/usrNN/wrf/src/run/SOILPARM.TBL SOILPARM.TBL
cp /work/cource/usrNN/wrf/src/run/GENPARM.TBL GENPARM.TBL

4. Визуализация и анализ на резултатите от симулациите

4.1 Бързо разглеждане на изходните данни в netcdf формат

Един полезен индтрумент койъто позволява бързо разглеждане на входните данни както и експортирането на някои от полетата в текстови формат е ncdump той е дъстепен през модула netcdf. Например можем да разгледаме хедър на даден netcdf файл в който са записани глобалните параметри на симулация както и описание на метео полеатата от wrf модела:

module load netcdf
ncdump -h $UEMS_ROOT/runs/bulgaria/wrfprd/wrfout_d02_YYYY-MM-DD_hh:00:00 | less
4.2 Инструмент за последващата обработка на данните ARWpost и визуализация с GrADS

Инструмента ARWpost е публично достъпен от страницата на NCAR http://www2.mmm.ucar.edu/wrf/users/download/get_sources.html#post_processing след регистрация. В случая ще използваме копие на архива който се намира в папката /work/cource/examples/arwpost/ARWpost_V3.tar.gz. По-долу е описана процедурата по компилиране:

mkdir -p /work/cource/usrNN/arwpost/src
cd /work/cource/usrNN/arwpost/src
cp /work/course/examples/arwpost/ARWpost_V3.tar.gz .
tar zxvf ARWpost_V3.tar.gz
cd ARWpost/
module load netcdf
module load netcdf-fortran
module load intel
export NETCDF=/opt/lx/u16.04/netcdf-fortran/4.4.4/gcc-os
./configure

необходимо е да се редактира файла src/Makefile на ред 19 така че да се смени рефренцията от C версията на -lnetcdf библиотеката към версията на Fortran -lnetcdff

-L$(NETCDF)/lib -I$(NETCDF)/include  -lnetcdff

след което можем да продължим с компилирането като изпълним командата:

./compile

след успешно компилиране можем да копираме файла в $WRF_HOME/bin

cp src/ARWpost.exe $WRF_HOME/bin

следващата стъпка е да се направи локално копие на namelist.ARWpost и да се променят параметрите start_date, end_date, input_root_name, output_root_name, output_type и fields:

...
start_date = 'YYYY-MM-DD_hh:00:00',
end_date   = 'YYYY-MM-DD_hh:00:00',
...
input_root_name  = 'wrfprd/wrfout_d02'
output_root_name = 'extract'
...
fields = 'height,geopt,theta,tc,tk,td,td2,rh,rh2,umet,vmet,pressure,u10m,v10m,wdir,wspd,wd10,ws10,slp,mcape,mcin,lcl,lfc,cape,cin,dbz,max_dbz,clfr'
output_type = 'grads'
...

и да се изпълни командата:

$WRF_HOME/bin/ARWpost.exe

резултатът от изпълнението ще бъдат два файла extract.ctl и extract.dat които могат да бъдат визуализирани с помощта на GrADS.

4.3 Визуализация с помощта на скрипт на python

Скриптовият език python има възможност да чете файлове в netcdf формат в комбинацията с matplotlib и cartopy позволяват бърза визуализация на данните. Скрипта визуализира няколко от изходните полета на WRF модела:

Temp – температурно поле T2
Rain – разликата в натрупаният валеж от полетата RAINC + RAINNC + RAINSH между два последователни nc файла
Hail – разликата в натрупаният “твърд” валеж от полетата HAILNC + GRAUPELNC между два последователни nc файла
Humid – Относителна влажност на приземният слой
Cloud – не е имплементиран все още
Solar – полето SWDOWN

Можем да копираме скрипта от работната папка /work/course/examples/python/, след като го разархивираме скрипта може да се изпълни с командата python field2plot-0.3.py. Той приема няколко входни параметъра:

-h – отпечатва помощно меню
-b – пътят до файловата система където се намират wrfout_} изхпдните файлове на WRF модела-p- префикс на изходните файлове на модела (подразбиранеwrfout_d02)-f- име на полето за визуализация (Temp, Rain, Hail, Humid, Cloud, Solar})

по-долу можете да изпозлвате следните команди за разархивиране и генерариране на изображения на температурното поле T2:

cd ~/work/python
cp /work/course/examples/python/field2plot.tar.gz .
tar zxvf field2plot.tar.gz
python field2plot-0.3.py -h
python field2plot-0.3.py -b /work/course/usrNN/opt/uems/runs/bulgaria/wrfprd -f Temp